O Baixo Guadiana é um dos principais destinos de ornitologia do país com hotspots que se incluem na Rede Nacional de Áreas Protegidas (RNAP) e a Rede Natura 2000. Falamos do Parque Natural da Ria Formosa, Reserva do Sapal de Castro Marim e VRSA (primeira Reserva Natural a ser criada em Portugal em 1975), a Mata Nacional das Dunas Litorais de VRSA, a Mata Nacional das Terras da Ordem, o Rio Guadiana e ribeiras adjacentes, e ainda o Parque Natural do Vale do Guadiana. Em suma, trata-se de um paraíso natural que motiva milhares de observadores de aves a aventurar-se para cá chegar.

A Reserva Natural do Sapal de Castro Marim e VRSA é uma das Zonas Húmidas mais importantes de Portugal (Zona Ramsar e IBA -Important Bird Area) caracterizada pela presença de extensos sapais, os esteiros, as margens do rio Guadiana e as salinas utilizadas especialmente pela avifauna aquática para nidificação, invernada ou zona de descanso para aves em rotas migratórias. A sua riqueza traduz-se na presença de mais de 200 espécies ao longo do ano, com maior evidência para comunidades nidificantes.                                              

Outra importante zona húmida é a Ria Formosa com 30.000 aves e 300 espécies todos os anos, aliás algumas espécies atribuem-lhe um estatuto de importância europeia, como o Parque de Doñana em Espanha, onde se destacam as limícolas e os patos. A Ria nasce na praia do Ancão (concelho de Loulé) para acabar depois dum percurso de 60 km até às localidades de Manta Rota e Cacela Velha (concelho de VRSA).

Para os amantes de ornitologia as rotas do Baixo Guadiana são lugares únicos, o seu contexto físico com a proximidade do Alentejo a norte possibilita o encontro com espécies estepárias ou com a faixa costeira do oceano Atlântico. Os rios que desembocam no oceano, os sapais e a situação geográfico-estratégica do território (latitude subtropical), propicia a migração invernal e faz desta região um paraíso para a observação das aves.