Während der Restaurationskriege (1640), als die Kämpfe um die Grenzgebiete ihre verlorene Bedeutung wiedererlangten, wuchs die Wichtigkeit von Castro Marim, und daher erhielt das Santa Casa da Misericórdia neue Wichtigkeit 

Zu dieser Zeit wurden weitere Bastionen errichtet, unter anderem die Kapelle von São Sebastião, die während der Arbeiten der Festung, der sie ihren Namen gab, verwüstet wurde.

Damit dem Dorf keine Heiligenstätte vorenthalten wird, ordnete Dom João  IV. im Jahre 1650 den Bau eine Kapelle an, die dem gleichen Heiligen gewidmet wurde und die eine Inschrift über dem Portal erhielt, die lautete: "esta ermida de S. Sebastião mandou fazer el-rei D. João IV por lhe tomar outra pera forte. Anno de 1650." / Diese Kapelle des S. Sebastião wurde auf Anordnung des Königs D. João IV errichtet, da die andere durch die Festung genommen wurde. Im Jahre 1650

Diese neue Kapelle, de sich neben einer der Zugänge des Dorfes befindet, wurde die neue "Igreja da Misericórdia" / Barmherzigkeitskirche und die Einrichtung zog im Jahre 1838 dorthin.

Die neue Kirche von ão Sebastião es oder die der "Misericórdia", gehört zu einem traditionellen religiösen Baustill mit einem länglichen Grundriss, einfachen Fassaden mit einem Raumsegment ohne dekorative Motive, der die Krise widerspiegelt, in dem sich der portugiesische Hof zu diesem Zeitpunkt befand. Der Innenbereich ist reich mit Blumen, Figuren und Putten aus Trompe l'oeil geschmückt. Alle Innenfassaden wurden mit Tempera Malerei geschmückt, wie es im 17. Jahrhundert üblich war. Die Hauptkapelle ist einfach, mit einem Tonnengewölbe als Decke, mit einem rustikalen Aufsatz, archaisierend, datiert aus der Mitte des 17. Jahrhunderts und der Eingang im O. zur Sakristei noch vom vorhergehenden Bau.